Hola,
Para limpiar temporales y un sinfín de cosas más yo uso Bleachbit y Fslint. Usados con "tacto" funcionan bastante bien.
Los kernels antiguos yo los borro a mano, no se de ningún script tipo "ubucleaner" para Sabayon. Hasta hace poco no era posible borrar un kernel antiguo sin eliminar dependencias del kernel activo, tarjeta gráfica, virtualbox...etc (
http://forum.sabayon.org/viewtopic.php?f=5&t=23781), sin embargo tras las últimas actualizaciones se pueden borrar kernels antiguos, drivers de nvidia, virtualbox y todo eso a mano sin ningún problema. El grub se actualiza solo, no tienes que tocar nada.
Un saludo.