Lo primero y mas importante: estamos a tiro de piedra el uno del otro, los dos en Canarias
En sabayon hay dos administradores de paquetes: entropy y portage. Entropy es propio de Sabayon y es binario (como la gran mayoría de distros); portage compila partiendo de código fuente y es usado por Gentoo.
Entropy está compuesto de equo (consola) y sulfur (gui) y portage tiene emerge (consola) y, que recuerde, portato y porthole (gui). En modo gráfico también están kpackagekit y gnome-packagekit que también existen en otras distros pero no los he usado nunca...
En caso de duda, quédate con entropy o acabarás destrozando el sistema antes de que te des cuenta si no tienes bastante cuidado.
Por el sólo hecho de ser algo gráfico, irá un par de milésimas de segundo más lento que en consola todo.

En nuestro caso concreto, al menos sulfur sí que se nota algo mas lento.