Se consulti la wiki, vi è descritta la principale differenza fra i gestori dei pacchetti:
https://wiki.sabayon.org/index.php?title=It:Package_Managemententropy e portage sono due mondi completamente diversi, l'uso di entropy è adatto all'utente di tutti i giorni, installa pacchetti precompilati e adatti all'uso medio del computer, portage installa pacchetti direttamente dai sorgenti, questo lo rende adatto per la configurazione e personalizzazione estrema del tuo sistema. Questo lo rende anche adatto solo e soltanto all'utente cauto, competente ed avanzato. Non usare portage se non sai esattamente quello che stai facendo.