Hola, probaste instalando el script laptop-mode-tools ?
El mismo es un conjunto de script que se ejecutan en portátiles, optimizándose sobre el todo el consumo de la bateria, entiéndase que hay problemas con el ultimo kernel y su funcionamiento bajo portátiles.
Lo buscas en sulfur o instalalo desde la consola (como prefieras).
Aquí también te dejo un tuto para cambiar algunas lineas de código de los script.
http://lgallardo.com/2009/08/28/ahorran ... ode-tools/Sería bueno saber también bajo que núcleo esta corriendo tu Sabayon, esto es información vital para ayudarte un poco mas, Te comento que le mío está corriendo bajo el 2.6.39 y no tengo problema de temperatura. También es una portátil mi pc.
Espero una respuesta para seguir ayudándote en lo que pueda pueda o festejar que se haya solucionado el problema

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Saludos.