Si te fijas en Sulfur, tendrás una lista de los archivos que van a ser modificados, cuando abres 1 verás líneas en rojo y líneas en verde (además de líneas en negro); las rojas, se borran las verdes son las nuevas.
Generalmente, confiar en los desarrolladores no da problemas, esto se traduce en "merge all"; sin embargo, si ya has modificado algún archivo de configuración, y ese mismo aparece en el "merging" seguramente quieras pegarle un vistazo antes. Cuando te sucede que algo te borra tus modificaciones, o bien descartas la actualización del archivo (cuando lo único que hace es deshacer tu modificacion) o bien, te empezas a complicar con hacer el merge a mano y controlando que tus modificaciones no vayan a interferir con las nuevas necesidades de la configuración nueva... No es algo a lo que te tengas que ver enfrentado a menos que ya hayas empezado a tocar archivos de configuración manualmente (en particular podrías tener que correr nuevamente alsaconf, si alguna vez lo has corrido por necesidad).
Espero te aclare un poco más...
